대회 조직위원회가 선수촌 건설 대신 호텔과 크루즈선, 컨테이너형 시설을 활용하는 분산형 숙박 방식을 채택했으나, 개막 전부터 운영상 빈틈이 드러나고 있다. 컨테이너형 숙소는 좁은 공간과 냉방 문제, 시설 관리 부실 등이 지적됐다. 한국 남자농구 대표팀 변준형은 SNS를 통해 숙소 내 배관 누수 문제를 공개했으며, 정재용 대한농구협회 부회장은 AFP통신과의 인터뷰에서 장신 선수들이 침대 규격 문제로 불편을 겪는 등 숙박 환경이 역대 최악이라고 비판했다. 또한 인도 선수단은 입국 후 장시간 대기하거나 식사를 제공받지 못하는 등 운영 차질을 겪었다. 크루즈선 숙소에서도 배정 오류가 발생했다. 미즈토리 히사시 일본 선수단 부단장은 일본 선수단 내에서 지도자와 선수, 혹은 남녀 선수가 같은 방에 배정되는 사례가 확인되어 재조정했다고 밝혔다. 조직위는 예산 절감을 위해 재해 피난 시설로 활용 가능한 목조 컨테이너를 도입했으나, 참가 인원이 예상치를 초과하면서 수용 한계에 부딪혔다는 지적이 나온다. 조직위 숙박 책임자는 개선책을 마련하겠다고 밝혔다.