서울시는 JYP엔터테인먼트 신사옥 건립 과정에서 SH공사의 일방적인 조치가 문제였다고 JYP가 주장하는 것에 대해, 이는 사실과 다르다고 9일 밝혔다. 시는 JYP 측이 신사옥 부지 앞 근린공원 부지의 용도 변경에 대해 강하게 반발했지만, 설계 및 인허가 절차는 스스로 진행했다고 설명했다.

구체적으로, 공원 변경은 지난해 10월24일 고시되었으며, JYP는 같은 해 11월11일 건축심의를 신청하고 올해 4월15일 건축 허가를 받았다. 시에 따르면 JYP는 이 기간 동안 서울시나 SH공사에 공식적인 문제 제기를 하지 않았고, 최초 문제 제기는 건축 허가 다음 날인 올해 4월16일에야 이루어졌다. SH공사는 전면부 개방을 요구하는 조정안을 제시하며 협의를 시도했고, JYP는 협의가 진행되는 가운데 사업을 철회했다. SH공사는 민간 매각 공급 공고를 보류하고, JYP 측의 요청에 따라 맞은편 건물의 높이를 5층 이하로 제한하는 등 유연하게 토지이용계획을 변경하겠다는 입장을 전달했다. JYP는 지난 6일 SH공사에 협의를 요청했지만, 8일 사업 철회를 발표하며 모든 책임을 SH공사에 돌리는 입장문을 냈다.

시는 JYP 측에 기업의 브랜드 가치와 더불어 도시정부 서울시의 명성과 신뢰도 또한 중요하다며, 여론을 호도하지 않고 책임 있는 입장을 밝혀줄 것을 요구했다.