이번 대회는 저비용·친환경을 표방하며 선수촌을 별도로 건립하지 않고 임시 컨테이너와 크루즈선 등을 숙소로 활용하고 있다. 그러나 계획보다 많은 인원이 몰리면서 숙박 배정에 차질이 빚어지고 있다. 2인실에 3명을 배정하거나 일부 선수단이 남녀 혼숙 상황에 놓이는 사례가 발생했으며, 컨테이너 숙소에서 누수 현상이 보고되기도 했다. 교통 운영도 원활하지 않다. 선수단과 미디어 셔틀버스가 예정된 시간에 도착하지 않거나 경로를 착각하는 일이 빈번해 선수들이 장시간 대기하거나 사비로 이동하는 상황이 발생했다. 경기 운영 측면에서도 남자 하키 경기 중 애국가 대신 북한 국가가 연주되거나, 여자 핸드볼 경기에서 애국가가 송출되지 않는 등 사고가 이어졌다. 대회 조직위원회는 기존 경기장을 활용하고 임시 시설을 설치하는 방식으로 비용을 절감했으나, 이로 인해 선수들이 불편을 겪고 있다는 지적이 나온다. 한편 아시아올림픽평의회(OCA)는 이번 대회가 역대 최대 규모로 치러지고 있음을 강조하며 운영 정상화를 위해 노력 중이라고 밝혔다.