김승원 후보자는 과거 브로커 양 모 씨를 통해 식약처장에게 신약 임상시험 승인을 청탁했다는 의혹을 받고 있다. 이와 관련해 2024년 검찰은 김 후보자에게 기소유예 처분을 내린 바 있다. 최근 시민단체는 김 후보자를 직권남용, 알선수뢰, 청탁금지법 위반 등의 혐의로 추가 고발했다. 경찰은 고발인 조사를 마친 뒤 고발장 내용과 법리 검토를 거쳐 재수사 여부를 결정할 방침이다. 김 후보자 측은 인사청문회 준비단을 통해 의혹을 반박하고 있다. 후보자 측은 청탁 대상이 코로나19 치료제가 아닌 대상포진 치료제라는 점을 알지 못했으며, 검찰 수사와 법원 판결을 통해 부정한 청탁이나 대가 관계가 인정되지 않았다는 입장을 밝혔다. 또한 의혹을 바로잡기 위해 관련 녹취록을 공개하기도 했다. 김 후보자는 8일 취재진에게 해당 의혹에 대해 인사청문회에서 소상히 밝히겠다고 말했다.