이번 청문회에서는 김 후보자를 둘러싼 각종 신상 의혹을 두고 여야의 치열한 공방이 예상된다. 주요 쟁점은 바이오·제약 벤처기업 제넨셀의 코로나19 치료제 임상시험 승인 청탁 의혹이다. 김 후보자는 2021년 10월 사업가 양 모 씨의 부탁으로 당시 식품의약품안전처장에게 임상시험계획을 신속히 처리해 달라고 요청했다는 의혹을 받는다. 이에 대해 김 후보자는 공익적 고충 민원을 전달했을 뿐 부정한 청탁은 없었다고 해명해 왔다. 이와 함께 가족이 연루된 사회적협동조합 특혜 의혹, 현직 부장판사와의 유착 의혹, 장녀의 대형 로펌 근무에 따른 이해충돌 우려 등도 검증 대상이다. 야권은 이러한 의혹들을 근거로 김 후보자의 부적격성을 주장하며 총공세를 예고했다. 반면 여당은 과거 검찰의 표적 수사 연장선이자 근거 없는 흠집 내기라고 맞서며 후보자 방어에 나설 전망이다. 여야 합의 불발로 이번 청문회에는 증인과 참고인이 채택되지 않아 김 후보자의 답변과 제출 자료를 중심으로 검증이 진행될 예정이다.