홍혜걸은 지난 9월 16일 자신의 소셜미디어에 한 온라인 커뮤니티 익명 게시판에 올라온 글을 공유하며 강하게 부인했다. 해당 게시글 작성자는 홍혜걸이 과거 의사들을 대상으로 주말마다 전국 투어 강연을 진행하며 인당 30만 원의 수강료를 받았다고 주장했다. 이에 대해 홍혜걸은 “단 한 번도 그런 강연을 한 적 없다”며 “나에게 30만 원을 내고 강연을 들은 의사가 있다면 나와 달라. 차라도 한 대 사주겠다”고 밝혔다. 또한 홍혜걸은 노무현 전 대통령 탄핵 파티나 황우석 박사 엠바고 파기 등 자신을 둘러싼 정치적 의혹들에 대해서도 모두 사실이 아니라고 일축했다. 그는 정치적 견해 차이로 인해 수십 년간 근거 없는 비방이 이어지고 있다고 주장했다.