더불어민주당은 이번 결과에 대해 감사원이 정권의 하수인으로 전락해 표적·조작 감사를 일삼았음이 증명된 것이라고 비판했다. 조계원 민주당 대변인은 서면브리핑을 통해 전임 정부 탄압을 위한 증거 조작과 강압 감사는 헌정질서와 법치주의를 파괴한 국기문란 범죄라고 규정하며, 불법 감사를 지시하고 기획한 배후를 수사로 밝혀내고 사법적 책임을 물어야 한다고 주장했다. 또한 민주당은 감사원의 독립성과 중립성을 확보하기 위한 제도적 개혁에 착수하겠다고 밝혔다. 반면 국민의힘은 감사원의 이번 발표를 정당한 감사를 스스로 부정한 촌극이자 굴종의 선언이라고 강하게 반발했다. 박성훈 국민의힘 수석대변인은 논평에서 민주당의 국정조사 압박과 가이드라인 제시로 인해 감사원이 헌법기관으로서의 독립성을 내팽개쳤다고 비판했다. 특히 국민의힘은 이번 발표가 1심 재판 중인 통계 조작 사건 관련자들에게 무죄를 안겨주기 위한 재판 흔들기이자 공작 감찰이라고 주장했다.