광주지검은 박 전 본부장 등이 장윤기의 스토킹 성범죄 사건과 여고생 살인 사건을 분리해 수사하도록 부당하게 지시한 것으로 결론 내렸다. 검찰 조사 결과, 박 전 본부장은 당시 경찰의 부실 대응에 대한 비난 여론이 거세지자 성범죄 사건이 살인 사건과 연관된 사실이 드러나는 것을 우려해 이 같은 지시를 내린 것으로 파악됐다. 당시 광산경찰서 수사팀은 두 사건의 병합 수사를 건의했으나 국수본 지휘부에 의해 묵살된 것으로 나타났다. 이로 인해 장윤기는 살인 혐의로만 구속 송치됐다. 박 전 본부장은 이에 대해 정상적인 업무 지시였으며 부당한 수사 개입은 없었다고 반박했다.