공정위는 지난 2월 2일부터 6일까지 진행된 대한항공 본사 현장조사 과정에서 직원 3명이 조사 대상 사건과 관련된 업무용 전산 파일과 이메일을 삭제한 사실을 확인했다. 공정위 심사관은 이를 공정거래법상 자료 은닉 및 폐기를 통한 조사방해 행위로 판단하고, 대한항공 법인과 해당 직원 3명을 검찰에 고발할 것을 위원회에 건의했다. 공정거래법에 따르면 조사방해 행위는 2년 이하의 징역 또는 1억 5000만 원 이하의 벌금에 처할 수 있다. 대한항공 측은 조사방해 혐의를 부인하며 향후 심사보고서 내용을 검토해 적극적으로 소명하겠다는 입장을 밝혔다. 이와 함께 공정위는 대한항공 등 5개 항공사가 요청한 시정명령 변경 요청 2건에 대해서도 기각 의견을 냈다. 앞서 항공사들은 청주~제주 노선의 공급좌석 유지 기준을 2019년 대비 90%에서 70%로 완화하고, 중동 전쟁 여파에 따른 유가·환율 상승 등을 이유로 전체 시정명령 대상 노선의 공급 의무를 완화해달라고 요청했다. 그러나 공정위 심사관은 시정명령이 확정된 2024년 12월 이후 의무 이행을 어렵게 할 만한 새로운 사정 변경이 발생하지 않았으며, 발권 내역 분석 결과 노선 전반에서 뚜렷한 수요 위축도 나타나지 않았다고 판단했다. 이번 심사보고서는 공정위 사무처의 의견으로, 향후 피심인들의 의견 제출과 공정위 전원회의 심의를 거쳐 최종 결론이 내려질 예정이다.