국민의힘은 이날 회의에서 김 후보자가 과거 코로나19 신약 임상시험 승인 과정에서 식품의약품안전처에 부당한 영향력을 행사했다는 의혹을 제기했다. 한지아 국민의힘 의원은 당시 해당 신약의 승인 기간이 평균보다 짧았다는 점을 지적하며 식약처와 보건복지부의 판단 차이에 대해 질의했다. 최보윤 국민의힘 의원은 식약처가 유력 정치인의 청탁으로 부실 서류를 승인한 것 아니냐며 의혹을 제기했다. 이에 대해 더불어민주당은 해당 의혹은 법제사법위원회와 인사청문회에서 다룰 사안이라며, 합의되지 않은 현안 질의로 회의를 정쟁의 장으로 만들고 있다고 반발했다. 서영석 민주당 의원은 안건과 무관한 특정인에 대한 정치 공세라고 비판했다. 허종식 민주당 의원은 김 후보자가 이미 검찰 수사를 통해 압수수색 등을 받았으나 문제가 없었다고 주장했다. 이만희 보건복지위원장은 여야 간사 간 협의가 결렬된 상황에서 현안 질의 진행을 두고 여야가 대립하자, 국민적 관심사가 있는 사안인 만큼 기관장에게 질의하는 것이 위원들의 역할이라는 입장을 밝혔다.