권창영 특별검사가 이끄는 2차 종합특검은 심 전 총장 등이 2024년 12월 3일 윤석열 전 대통령의 비상계엄 선포 이후 박성재 당시 법무부 장관의 지시에 따라 계엄사령부 합동수사본부에 검사 파견을 검토하고, 비상계엄 체제에서의 수사·재판 관할 문건 작성을 지시한 혐의를 적용했다. 또한 심 전 총장이 지난해 법원의 윤 전 대통령 구속 취소 결정 당시 검찰 비상계엄 특별수사본부에 즉시항고 포기를 지시한 점도 직권남용 혐의에 포함됐다. 앞서 1차 내란 특검은 심 전 총장의 비상계엄 관여 혐의를 수사했으나 기소하지 않았다. 이후 사건을 넘겨받은 2차 특검은 지난달 심 전 총장 등에 대한 구속영장을 청구했으나 법원은 증거 인멸 우려 소명 부족을 이유로 기각한 바 있다. 특검은 이와 별도로 심 전 총장의 김건희 여사 도이치모터스 주가조작 의혹 수사 무마 의혹에 대해서도 수사를 이어가고 있다.