신 전 본부장은 2024년 12월 3일 윤석열 당시 대통령의 비상계엄 선포 직후 박성재 당시 법무부 장관의 지시를 받아 김문태 당시 서울구치소장에게 포고령 위반자 구금을 위한 수용 공간 마련을 지시한 혐의를 받는다. 조사 결과 신 전 본부장은 서울·경기·강원 지역 교정시설의 추가 수용 여력을 파악해 3600명을 수용할 수 있다는 내용의 문건을 박 전 장관에게 보고했다. 또한 전국 교정시설장 영상회의를 주재하며 수용 인원 증가에 대비한 여력 점검을 지시하고, 교정본부 직원들에게는 구금 공간 확보를 위한 긴급 가석방 검토를 지시한 것으로 나타났다. 해당 사건은 내란 특별검사팀과 경찰청 특별수사본부를 거쳐 지난 3월 종합특별검사팀으로 이첩되었으며, 특검팀은 지난 6월 신 전 본부장을 피의자 신분으로 소환 조사했다. 신 전 본부장은 앞서 박 전 장관의 재판에 증인으로 출석해 본인도 피의자 신분임을 밝히며 관련 의혹에 대한 증언을 거부한 바 있다.