신 전 본부장은 2024년 12월 3일 윤석열 당시 대통령의 비상계엄 선포 직후 박성재 당시 법무부 장관의 지시를 받아 김문태 당시 서울구치소장에게 포고령 위반자 구금을 위한 수용 공간 마련을 지시한 혐의를 받는다. 특검팀은 신 전 본부장이 박 전 장관의 지시를 이행하는 방식으로 내란 범죄에 가담한 것으로 보고 있다. 조사 결과 신 전 본부장은 서울·경기·강원 지역 교정시설의 추가 수용 여력을 계산해 3600명을 수용할 수 있다는 문건을 박 전 장관에게 보고했으며, 전국 교정시설장 영상회의를 주재해 수용 여력 점검과 포고령 위반자 구금 대비를 지시한 것으로 파악됐다. 또한 교정본부 직원들에게 구금 공간 확보를 위한 긴급 가석방 검토를 지시한 혐의도 포함됐다. 해당 사건은 조은석 내란특검팀의 수사를 거쳐 경찰 특별수사본부와 검찰을 거쳐 종합특검팀으로 이첩됐다. 한편 박성재 전 법무부 장관은 계엄 가담 혐의로 1심에서 징역 25년을 선고받고 현재 항소심이 진행 중이다.