김민재 행정안전부 차관과 중수청 개청준비단은 2026년 9월 17일 브리핑을 통해 김지용 후보자 관련 의혹을 반박했다. 정부는 김 후보자가 과거 윤석열 당시 검찰총장의 징계에 반대했던 것에 대해 징계 절차의 부적정성을 지적한 것일 뿐 행위 자체를 옹호한 것은 아니라고 설명했다. 또한 '검수완박' 반대 이력에 대해서는 수사와 기소 분리 자체를 반대한 것이 아니라 범죄 피해자 보호 공백을 우려한 것이라고 밝혔다. 김 후보자가 과거 윤석열 전 총장 친인척 사건에 재수사를 명령한 점을 언급하며, 이로 인해 윤석열 정부 출범 후 사실상 좌천 인사를 당했다는 주장도 제기했다. 김학의 전 법무부 차관 출국금지 사건과 정진웅 검사 독직폭행 사건 기소 관여 의혹에 대해서도 김 후보자가 기소에 반대했거나 최종 결정권자가 아니었다고 해명했다. 정부는 이번 논란과 관련해 인사청문회에서 후보자가 직접 소명할 예정이라고 밝혔다.