김민재 행정안전부 차관은 17일 정부서울청사에서 브리핑을 열고 김 후보자가 과거 검찰 재직 당시 김학의 전 법무부 차관 긴급 출국금지 사건과 정진웅 검사 독직폭행 사건 관련자 기소에 반대 의견을 냈다고 밝혔다. 김 차관은 김 후보자가 해당 사건들의 기소 지휘 라인에 있었던 것은 사실이나, 부임 전 이미 수사가 진행 중이었거나 내부 회의에서 기소에 반대하는 의견을 냈으며 최종 결정권자도 아니었다고 설명했다. 또한 김 후보자가 윤석열 전 검찰총장의 직무 정지 및 징계 청구에 반대하는 성명에 동참하고 '검수완박'에 반대 입장을 밝힌 것에 대해서는 징계 절차의 부적정성과 범죄 피해자 보호 공백 우려 때문이었다고 해명했다. 특히 김 차관은 김 후보자가 윤 전 총장의 친인척이 형사 고발된 사건에서 불기소 처분이 부당하다고 판단해 재수사를 명령한 사실을 언급하며, 이러한 행보가 윤석열 정부 출범 후 광주고검 차장검사로 좌천되는 데 영향을 미쳤다는 의견도 있다고 덧붙였다. 정부는 김 후보자가 수사 전문성과 공정성, 중립성을 갖춘 적임자임을 재확인하며, 제기된 의혹들은 인사청문회에서 후보자가 직접 소명할 것이라고 밝혔다.