충남도는 2005년 1차 공공기관 이전 당시 세종시 건설 등의 이유로 대상에서 제외된 이후 2020년 혁신도시로 지정됐으나, 현재까지 이전한 수도권 공공기관이 전무한 실정이다. 도는 기존 혁신도시들이 1차 이전 당시 대형 공공기관을 중심으로 특화 기능을 형성한 것과 달리, 충남은 출발 조건이 다르다는 점을 강조하고 있다. 이에 따라 2차 이전에서는 기존 기관과의 연계성만을 따지기보다 지역의 산업적 특수성을 고려한 새로운 기능군 형성이 필요하다는 입장이다. 충남도는 전국 화력발전소 60기 중 28기가 위치하고 에너지 다소비 산업이 밀집한 지역 여건을 고려해 한국환경공단, 한국환경산업기술원, 한국에너지기술평가원 등 관련 기관의 배치를 구상하고 있다. 도 관계자는 2차 이전에서도 핵심 앵커 기관 확보에 실패할 경우 혁신도시의 실질적인 기능 부재가 장기화될 수 있다고 우려하며, 정부 차원의 전략적인 배치 원칙 마련을 촉구했다.