금융감독원 노동조합은 단일종목 레버리지 상품 도입의 원인으로 금감원이 행정부 정책을 온전히 견제하기 어려운 금융감독체계의 구조적 한계에 있다고 지적했다. 금감원은 금융위원회로부터 지도·감독을 받는 현행 체계로 인해 정책 당국의 정책에 부작용이 있더라도 의견을 내기 어렵다는 주장이다. 또한, 정책 수립 후 추진 과정에서 문제가 조기에 포착되더라도 금감원은 감독규정 제·개정 및 안건 상정 권한이 없어 대응하기 어렵다고 피력했다. 노조는 행정부의 금감원 지도·감독·예산 승인 권한을 국회로 이관하고, 원장 임명 시 국회 인사청문을 거쳐 금융감독기구가 정책에 과도하게 종속되지 않도록 검증 절차를 마련해야 한다고 강조했다. 아울러 금감원에 감독규정 제·개정 및 금융위원회 안건 상정 권한을 부여하고, 금감원의 영구적 독립성을 위해 공공기관 지정 대상에서 제외되도록 공공기관운영법을 개정해야 한다고 지적했다. 한편, 금융감독원 노동조합은 금융위의 세종 이전이 확정된 직후, 금감원이 금융위와 별개의 독립 기관이라는 점을 분명히 해 '금융위를 따라 금감원도 옮겨야 한다'는 논리를 차단하려는 것이라는 분석도 나왔다.